Ved besøgscenteret er der en lille botanisk have, hvor man kan se nogle af de planter og blomster, som vokser på bjerget. Når man vandrer på bjerget kan man tydeligt se de skiftende klima zoner, som man vandrer igennem og man oplever hvordan vegetationen ændrer sig efterhånden, som man kommer højere op. Det er kun planter fra de lavere højder, som findes i den botaniske have, men det er en god mulighed for at komme tæt på mange af dem, da man måske ikke lige bemærker dem, når man vandrer på stierne op ad bjerget.
Omkring besøgscenteret og de nedre skråninger af Mount Kinabalu er der tågeskov. Luftfugtigheden er høj i tågeskoven og planterne får meget af deres vandbehov dækket fra skyer som driver gennem skoven. Når skyerne bliver løftet op over bjerget afgiver de vand, som sætter sig på planterne.
