Det er ikke bare de udstillede værker, som er spændende, også bygningerne og udsmykningen af dem er interessant. Blandt andet de mange loftsmalerier, som ofte afbilder bibelske eller andre religiøse motiver. Især Michelangelos loftsmaleri i det Sistinske Kapel (hvor man ikke må tage billeder) er imponerende og et af højdepunkterne ved et besøg i Vatikan museerne. Det Sistinske kapel har sit navn fra pave Sixtus IV, som stod for renoveringen af det mellem 1477 og 1480.
Det er i det Sistinske Kapel, at der afholdes konklav (pavevalg). Ved en paves død er det kardinalerne, som vælger den næste pave, en kandidat skal have 2/3 flertal for at blive valgt. Hvis dette ikke opnås ved en afstemning foretages endnu en afstemning. Afstemningerne foretages efter et fastlagt system, med maksimalt fire afstemninger per dag. Når en afstemning er optalt brændes stemmesedlerne. Afhængigt af resultatet farves røgen med yderligere brandbart materiale - sort røg hvis ingen person opnåede 2/3 flertal og hvid røg hvis det nødvendige flertal blev opnået og en ny pave valgt.
