Før 1185 var Kyoto Japans hovedstad, men i forbindelse med at Minamoto klanen overtog magten, blev hovedstaden flyttet til Kamakura for at komme på afstand af de gamle magtstrukturer. Kamakura var Japans hovedstad fra 1185 til 1333. Mens hovedstaden var i Kamakura, var Japan gentagne gange udsat for invasioner af mongoler, som under lederen Kublai Khan forsøgte at erobre Japan. Japanerne blev dog redet af en tyfon, som ødelagde store dele af Kublai Khans flåde. Den tyfon, som redede dem, er siden blev kaldt kamikaze (det betyder guddommelig vind), og derfra stammer navnet på japans selvmordspiloter under 2. verdenskrig. Krigene med mongolerne var dog så dyre, at shogunen ikke kunne betale samuraierne og derfor mistede han deres støtte. En ny famillie benyttede sig af dette og erobrede magten i Japan og flyttede hovedstaden tilbage til Kyoto.
Det var under Kamakura perioden, at buddhismen for alvor blev udbredt i Japan, i den periode kom japanske munke tilbage fra Kina med en ny sekt - zen. Enkelheden i zen buddhismen tiltalte samuraierne og den blev derfor hurtig udbredt. Hovedattraktionerne i Kamakura er netop de utallige buddhistiske templer og den største udfordring ved et besøg i Kamakura er, at vælge hvilke af de utallige templer man skal besøge.
