Nikko's historie kan føres tilbage til det 8. århundrede, hvor den buddhistiske munk Shodo Shoin oprettede et buddhistisk tempel. Nikko mistede dog sin betydning og stedet forfaldt indtil 1600-tallet.
I starten af 1600-tallet overtog Tokugawa klanen magten i Japan, Tokugawa Ieyasu var den første shogun under Tokugawa klanens styre. Han blev begravet beskedent i 1617 ved Nikko. Hans barnebarn Tokugawa Iemitsu lavede dog om på det. Han byggede en række templer til ære for sin bedstefar og flyttede hans gravplads til de nuværende templer. Templerne er meget farverige og fyldt med detaljer og figurer, som man normalt ikke ser i Japan.
Ikke langt fra Nikko ligger Nikko Nationalpark, som nemt kan besøges på en dags tur. Her kan man opleve Kegon, et af Japans højeste vandfald.
