Mennesket har påvirket flora og fauna på øerne, siden de blev opdaget. Hundredtusinder af skildpadder er blevet fanget og taget om bord på skibe som proviant. De dyr, som mennesker har bragt til øerne, har også ændret på vegetationen. Tilflyttere tog geder med derud, og de trivedes rigtig godt på øerne. Da flere af dem slap ud af fangenskab kom der hurtigt mere end hundrede tusinde frit levende geder på nogle af øerne. De ødelagde vegetationen og fjernede derved fødegrundlaget for nogle af de oprindelige dyr på Galapagos. Man laver i dag forsøg, hvor man prøver at udrydde gederne på nogle af øerne ved at jage dem. Da man startede kunne man nemt skyde 1.000 geder på en dag, bestanden er nu reduceret så meget, så det tager noget længere tid at finde de tilbageværende geder. Håbet er, at man kan få dem udryddet helt og få reetableret den oprindelige vegetation og det oprindelige dyreliv.
På billedet ses stranden ved Las Bachas, den er opkaldt efter de skibsvrag, som strandede her.
