I slutningen af 1300-tallet flyttede pavestolen tilbage fra Avignon til Rom og i 1500-tallet begyndte paverne at restaurere og udvide Peterskirken, det fortsatte i mere end 100 år indtil kirken i 1655 fik den form, som den har i dag. Peterskirken er imponerende stor. Selve kirkerummet er 210 meter langt og der er 135 meter fra gulvet op til toppen af kuplen. Man føler sig meget lille, når man træder ind gennem de ligeledes enorme døre. Adskillige kendte kunstnere og arkitekter har arbejdet på kirken, blandt andet Rafael, Bernini og Michelangelo. Bernini arbejdede på Peterskirken i over 50 år. Et af hans første bidrag var den 30 meter høje baldakin, som står under kuplen foran alteret.
Peterskirken er den mest dominerende bygning i Vatikanet og kuplen kan ses på stor afstand. Der er i Rom (inklusive Vatikanet) fire store basilikaer. Pavens hovedkirke er Laterankirken, men de fleste pavelige handlinger foregår i Peterskirken og det er fra Peterspladsen foran kirken, at man kan overvære paven under de store kristne højtider.
