De første øer i Galapagos øgruppen blev skabt for 4-5 millioner år siden af undersøiske vulkaner, så geologisk er øerne ret nye. De hotspots hvor lava strømmer op fra undergrunden og danner nye øer ligger i den vestlige del af Galapagos øgruppen. Galapagos ligger lige hvor de tektoniske plader Nazca og Cocos mødes, derfor driver nogle af øerne mod nordøst, mens resten driver mod sydøst. Så de øer der ligger længst mod øst, er de ældste øer. Øerne driver med en fart 10 - 15 centimeter om året.
Der er stadigvæk vulkansk aktivitet på Galapagos øerne og de bliver derfor langsomt større. Om natten kunne vi tydeligt se den rødglødende lava på Isla Isabella, hvor der stadigvæk er mange aktive vulkaner.
